古牧地之战后，清军顺利收复北疆重镇乌鲁木齐，湘军名将刘锦棠更是趁叛军新败人心惶惶之际，率领精锐湘军勇士长途奔，再破昌吉、呼图壁等地，各路清军和汉人民团也在广袤的北疆展开了反攻，各地地阿古柏叛军被一一肃清，阿古柏在天山以北的统治陷入崩溃。残存的阿古柏军也是斗志低迷，他们纷纷夺路难逃，唯有玛纳斯的叛军依旧负隅顽抗，只要收复了玛纳斯，那么北疆将全境光复（除沙俄占据的伊犁外），于是清军开启了收复玛纳斯的战役，

玛纳斯在乌鲁木齐西北处，是扼守乌鲁木齐与伊犁之间的重要节点，玛纳斯城池规模不大，但异常坚固，叛军在此经营良久，城内有大量的粮草和武器装备，守军2万人，先前，金顺率所部八旗兵进讨，但久攻不下，导致战事迁延日久。左宗棠获悉金顺进展不利后，遂调刘锦棠部湘军6000人、董福祥部甘军数千人以及徐学功、孔才的汉人民团加上金顺的八旗兵总计2万余人，共同进攻玛纳斯，如此一来清军的攻城部队人数方才与守城叛军人数相当。

守城叛军深知自己在新疆作恶多端，即便投降也不会有好果子吃，于是守城的意志非常坚决，攻城清军伤亡惨重，但依旧打不开突破口。战斗从9月2日一直持续到11月6日，清军在付出惨重的代价后才攻克玛纳斯，光金顺所部的八旗兵就战死了1000余人，可见战事之惨烈，诚可谓左宗棠收复新疆的“绞肉机”。

清军破城后，金顺所部率先入城，面对城内数不尽的百姓尸首，这些都是叛军在城破前处死的无辜老弱妇孺，真是丧尽天良，见此情景，清军金顺莫不悲伤，再加上3个月来那么多牺牲的战友，金顺震怒了，他不顾左宗棠“杀人过多，有失民心，不利屯田。”的告诫，将活捉的数千名叛军全部斩首示众。随后刘锦棠等部清军一起入城，清理尸首，安抚幸存的1500名百姓，玛纳斯这才回到祖国的怀抱。

随着清军收复玛纳斯，阿古柏在北疆最后一个据点就此被清军拔除，左宗棠收复了整个天山以北的北疆地区（除了沙俄侵占伊犁外），左宗棠收复新疆的目标完成了一半，自肃州誓师出关以来，清军用1年多的时间就收复了北疆，不得不说是一个奇迹。

玛纳斯之战后，冬季也来临了，新疆的冬季格外寒冷，更要命的是，大雪通往南疆的通道全部阻断了，左宗棠想乘胜南下的计划暂时被搁浅，再加上1年多的战事，使得清军将士也非常疲惫，继续休整。于是，左宗棠决定暂时停止进攻，养精蓄锐，以待天气好转后再做打算。